Modele de bac biologie

Nous remercions Tina Jones et Corey Ziebell pour leur gestion des colonies de souris de production transgéniques et nous remercions Susan Allen pour son assistance éditoriale. Le noyau de modèle animal transgénique des installations de base de recherche biomédicale de l`Université du Michigan est soutenu par le centre de cancérologie de l`Université du Michigan (NIH CA046592), le centre de maladies rhumatismales de l`Université du Michigan (NIH AR048310), le Centre de recherche sur les peptides gastro-intestinaux de l`Université du Michigan (NIH DK034933) et le centre Nathan Shock pour la biologie du vieillissement (NIH AG013283). * Institut de génomique de l`Arizona et Institut BIO5, école des sciences végétales, et † Département d`écologie et de biologie évolutive, Université de l`Arizona, Tucson, Arizona 85721, ‡ Division des sciences biologiques, Université de Californie à San Diego, la Jolla, California 92093 et § département de biologie, Université de l`Iowa, Iowa City, Iowa 52242 groupe de recherche sur l`affiliation biologie des systèmes médicaux, Institut de médecine expérimentale, Christian-Albrechts-University Kiel, Kiel, Allemagne pour chaque phénotype (P2, P3,…, P9) de la simulation de biofilm de P. aeruginosa, les courbes de temps pour tous les réplicats sont affichées. Alors que la dynamique globale était stable, les occurrences de P3, P7 et P8 montraient une légère variance. On a comparé l`efficacité transgénique des transgènes BAC purifiés par échange ionique, gradient CsCl et méthodes de chromatographie d`exclusion de taille. L`effet de la méthode de purification de l`ADN a été isolé en examinant les données des microinjections lorsque le même tampon d`injection, la concentration d`ADN et le fond génétique ont été utilisés. Les résultats de BACs resuspendus en tampon de polyamine, microinjectés à 0,5 ng/UL dans les oeufs fertilisés B6SJLF2, sont résumés dans le tableau 8. Il y a une tendance claire à abaisser les taux transgéniques dans la méthode CsCl; Cependant, l`efficacité transgénique CsCl était la même que d`autres méthodes de purification. L`analyse statistique (ANOVA) n`a montré aucune différence significative dans les taux de natalité, les taux transgéniques ou l`efficacité transgénique qui pourrait être attribuée aux méthodes de purification de l`ADN.

Les tailles d`insert des clones individuels dans chaque bibliothèque allaient de 10 à 371 KB, la majorité étant de > 120 KB (figure 2). Les tailles moyennes des plaquettes de ces bibliothèques allaient de 125 à 168 KB (tableau 1). Les pourcentages de clones contenant des non-plaquettes ont varié entre 0,3 et 5,3%, ce qui est typique des bibliothèques BAC construites à l`AGI (Ammile et al. 2006). Avec BacArena, nous fournissons un module R modulaire et extensible pour la modélisation et l`analyse des communautés microbiennes (texte S1 et S2). Dans BacArena, chaque organisme est représenté individuellement sur une grille bidimensionnelle pour modéliser un environnement spatial (Fig. 1). Les dynamiques temporelles sont modélisées en incluant les étapes temporelles dans lesquelles l`état de chaque individu et de l`environnement est mis à jour.

À chaque fois, les métabolites de l`étape diffusent dans l`environnement et peuvent être échangés entre les individus. Les individus peuvent se déplacer et dupliquer dans les positions voisines de grille. Le métabolisme de chaque individu est modélisé par l`analyse du bilan de flux sur le modèle métabolique à l`échelle du génome sous-jacent de l`espèce particulière. L`utilisation de la biomasse comme objectif pour la FBA et les concentrations de métabolite dans la position de grille correspondante en tant que contraintes, la croissance et le retour métabolique est déterminée. En conséquence, le taux de duplication est obtenu à partir du taux de croissance et la concentration de métabolite est mise à jour en fonction des métabolites sécrétés et consommés.